特に許可申請や届け出という形式ではないでしょう。
法の例外に該当し、建築可能だから何も手続が必要ないのが原則です。
しかし、役所側としては、法の例外に該当している旨の証拠を残しておきたいのだと思います。
土地関係手続は基準ばあいまいなケースも多く、役所としてはきちんと基準通りに確認したかを、
後から問われるリスクがあります。
きちんと折衝し、適合している旨を確認したことを書類で残したいのです。
申請側としては手間ですが、何かの際には自分も助かりますので、協力したほうが無難です。
何かで指摘された際には、申請側もきちんと窓口と折衝して、事業を行っている旨を主張できます。