無断転用後に許可申請をして許可を取得することは、実務上あります。

しかし、だからといって無断転用を行うのは危険です。

通常は現状回復命令が行政庁から行われ、従わなければ罰則を受けます。

事後的転用は、あくまで例外的に認められるに過ぎませんし、理由書を提出するなど手続の難易度も高いです。